LMSでは，「整理」のために，いったん公開した成績やフィードバック，課題そのもの，コンテンツ，科目そのものを，教員が削除や非表示化することができる．
ここでの主張:削除や非表示化が必須である状況は少ない．どうしても必要なときは，その方針と時期を科目受講者に事前に伝えるほうがいいだろう．
以下は龍谷大学の状況/用語と，龍谷大学のLMSである manaba に即して記述する．
成績とフィードバックの消去
レポートの成績とフィードバックが残っていると，学習は，次のレポートや活動が発生したときに，前回から修正すべき点を思い返して，修正することができる．
次のレポートがなくても，学習者は振り返ることができる．特に，科目の最終成績公開は，提出物とフィードバックを振り返るよいタイミングとなる．
科目の清秋成績公開時に以前の成績とフィードバックが確認できると，成績計算のミスがあって成績疑義を提出すべきかどうか正確に判断できる．成績疑義を提出する際にも，疑問点を的確に記述することができる．
提出されたレポートの消去
提出されたレポートが残っていると，最終レポートを組み立てるときの材料になる．
ポートフォリオ
manaba のポートフォリオはその一例で，学生の提出したレポートを学生が保持し，（教員が決定した方針に従い）公開したり，教員と限らない他の人からフィードバックを受け取ることができる．eポートフォリオと呼ばれるシステムの(LMSと深く統合された形態の)一例である．
コンテンツ・レポート課題・小テスト問題の消去
コンテンツ（レジュメや動画）が残っていると，後の時期に別の科目で，この科目と統合して考察・理解したくなった学生に役立つ．
小テスト問題の秘匿
よいテスト問題の作成には労力がかかる．過去問として流通すると正確な評価にならないタイプの問題があり，そのタイプの問題を秘匿しておいて再利用したい，というのは，教員側の自然な欲求である．
学生が各自で保存しとけばいい話じゃん？
点数やフィードバックは受け取ったときにメモ，レポートは提出時にファイルを残す，コンテンツは読むたびにダウンロードして保存する，ってすればいいじゃん．レジュメや提出レポートやレポート返却が紙のときは学生が(コピーして)保存してたよ？
それは真実だが, manaba の科目内には，科目内容を一番よく知る教員が整理・配列した状態でこれらが置かれている．それをそのままの形で参照したいというのは学生の自然な欲求だろう．自分の提出するレポートファイルと，レポートの作成指示とを組にして保存しておく？「消去されるかもしれないから」というだけで全科目全課題についてやっておけというのは非効率だろう．
科目の消去
以上のもの（ポートフォリオを除く）をまとめて非表示にする方法として，教員は科目を非表示にすることができる．
学生・教員の manaba のホームには多くの科目が表示されるため，収容した科目を非表示にして整理したいという気持ちが起きる．
しかし，整理にはもっといい方法がある．ユーザごとに，後期科目だけを表示することを選択できる．ユーザ別に科目に★をつけて整理することができる．
教員が科目を「使わない科目」にすると，他のユーザの意志に拘わらず，すべてのユーザに対して科目が非表示になり，科目内のコンテンツに一切アクセスできなくなる．
特に操作しない場合，科目は，新たな書き込みや受験や提出はできないが，参照のみが可能な状態で，4年間（受講者の在学が想定される期間）は残る．
